L'histoire se passe au siècle le plus sombre de l'Europe médiévale, lorsqu’un Pape visionnaire a allumé les flammes de la première croisade et rallié les nations rivales à une seule et même cause : la conquête de la Terre sainte. Crusaders: Thy Kingdom Come retrace l'histoire de cette vaste campagne à travers les yeux d'un chevalier choisit et raconte son combat pour gravir les échelons en gagnant pouvoir et richesse. Les événements conduisent notre héros de Constantinople à Jérusalem à travers les chapitres d'un récit sur fond historique très détaillé. Notre héros arrive aux imposantes portes de Constantinople comme simple croisé, avec le reste de l'armée. Mais durant les mois qui suivent, il va atteindre un niveau de renommée tel que les têtes couronnées se battront pour obtenir ses services... jusqu'à ce qu'il devienne l'un des chefs à la tête du siège de la Ville sainte.

Crusaders: Thy Kingdom Come propose une histoire pleine de défis où les missions s'enchaînent les unes après les autres, où l'évolution du personnage principal en fait l'un des meilleurs RPG et où l'armée grandissante devient encore plus puissante et plus dévastatrice après chaque bataille.

Les chevaliers croisés, qu'ils soient mercenaires sans-le-sou ou princes vaniteux, guerriers impitoyables ou visionnaires, ont une chose en commun : leur détermination et leur engagement à atteindre Jérusalem.
Crusaders: Thy Kingdom Come propose cinq grandes personnalités des cinq nations les plus puissantes de l'Europe médiévale, chacune d'elle ayant une histoire, une richesse, des compétences au combat, des objectifs et des rêves différents. Les joueurs choisissent l'un de ces chevaliers croisés dont ils auront le point de vue et l’envoient au coeur des batailles sanglantes et des intrigues politiques, tout en surveillant la destinée de leur héros au fur et à mesure que celui-ci gagne en renommée, en foi, en rangs, en fiefs, en influence et en pouvoir.

Dans le jeu, l'armée croisée est aussi divisée qu'elle l'a été historiquement. Les rivalités entre les royaumes et les nationalités, dont les motivations sont diverses, vont jouer un rôle-clé pendant toute la campagne. Les différents groupes de pouvoir de l'armée sont les factions, chacune d'elles ayant la charge d'une puissante nation à l'atmosphère unique, et toutes faisant des propositions différentes à leurs alliés. Les joueurs doivent faire très attention lors du choix de leur faction préférée : tisser des liens avec une nation peut peu à peu les exclure. Cependant, un fidèle allié peut obtenir de belles récompenses telles qu'argent, unités ou autres.

Bien que la conquête de nouveaux territoires à l'est fût la vraie motivation de cette première croisade, dans Crusaders: Thy Kingdom Come, la Foi est en quelque sorte une notion idéalisée de l'environnement religieux qui éclairait et légitimait la campagne militaire. La Foi influence aussi bien le moral général des hommes que la position politique de la cour pontificale. Le score de Foi a un lien direct avec les reliques chrétiennes : plus le score de Foi du héros est élevé, plus les reliques augmentent ses talents. Chaque héros démarre avec un score de Foi unique qui, en fonction de ses décisions, peut soit augmenter soit diminuer au cours du jeu.

D'un point de vue topographique, Crusaders: Thy Kingdom Come offre une multitude de terrains différents : collines, vallées, forêts, rivières ou ruines. À noter que les éléments topographiques ne sont pas simplement des décors sans vie, ils influencent vraiment les tactiques et l'issue des batailles (les unités d'infanterie lourde seraient imbattables dans un champ, mais elles perdraient probablement dans une forêt dense). Les terrains disponibles dans le jeu évoqueront également l'atmosphère des contrées lointaines où les croisés ont marché vers Jérusalem : de la forêt de pins méditerranéenne aux déserts arides et rocailleux de la Terre sainte.

Crusaders: Thy Kingdom Come est le premier RTS où les éléments physiques constituent un facteur aussi important dans le jeu. Des pierres énormes dévalent les pentes pour venir s'écraser sur les rangs ennemis. Le rocher d'un trébuchet ou la violente charge des chevaliers vont faire voler les soldats et les faire s'étaler au sol, et ce grâce à une gestion physique des corps très réaliste. Les armes de siège détruisent des pans entiers des solides remparts des villes et la chute des débris tue tous ceux qui ont le malheur de se trouver trop près.

es conditions climatiques et la visibilité changent de façon dynamique, et ce n'est pas seulement un élément visuel puisque cela affecte aussi le jeu, en particulier les talents des différentes unités et le résultat de leurs actions. Lors d'une attaque de nuit, les gardes distingueront seulement les lumières des feux de camp. Mais à l'aurore, ils localiseront l'ennemi directement et sonneront l'alarme. Les conditions climatiques et le moment de la journée où se passe l’action influenceront sérieusement l'efficacité des archers ou des autres unités à distance.